Intraoralni skenerji kot ključna oprema v digitalni diagnostiki in zdravljenju oralne medicine so bili široko uporabljeni na številnih kliničnih področjih oralne medicine.
Na področju protetike je bila prvič uporabljena intraoralna tehnologija skeniranja, ki se zdaj široko in zrelo uporablja pri obnavljanju zobnih defektov (kot so inleji, onleji, enojne krone in fiksni mostički) in delnih defektov zobovja ter postaja ena od standardnih tehnologij v klinični praksi digitalne protetike. Pridobljeni digitalni modeli so zelo natančni, stabilni in ponovljivi, kar odpravlja potrebo po tradicionalnih postopkih jemanja odtisov in vlivanja mavčnih modelov. Napredne tehnologije, kot so digitalno oblikovanje nasmeha (DSD) in v rezultate-orientirana digitalna vodila za vsadke, lahko hitro predstavijo pričakovane rezultate obnove, olajšajo-komunikacijo med zdravnikom in pacientom in učinkovito izboljšajo zadovoljstvo pacientov.
Na področju ortodontije je korekcija malokluzije še eno pomembno področje klinične uporabe tehnologije digitalnega intraoralnega skeniranja. Odkar je podjetje Align Corporation v Združenih državah leta 1997 uspešno proizvedlo izdelek Invisalign clear aligner na podlagi podatkov, pridobljenih z intraoralnimi skenerji, je bila leta 2002 tehnologija intraoralnega skeniranja uporabljena za CAD/CAM nosilcev lingvalnih naramnic. To tehnologijo je mogoče uporabiti za izdelavo-po meri izdelanih ortodontskih pripomočkov, kot so pomožni pripomočki, držala in personalizirani aparatov pri ortodontskem zdravljenju. Pomaga lahko tudi pri lepljenju kovinskih naprav z uporabo 3D-natisnjenih osebnih vodil za lepljenje nosilcev. Programska oprema za analizo, ki je priložena sistemu za intraoralno skeniranje 3shapeTrios, lahko doseže tudi virtualno poravnavo zob in analizo premikanja zob.
Na področju endodontije se širi tudi uporaba tehnologije intraoralnega skeniranja v diagnostiki in zdravljenju endodontskih bolezni, predvsem pri diagnostiki in spremljanju različnih zobnih bolezni, kjer je dosegla prelomen napredek. Novi intraoralni skenerji, ki vključujejo optične tehnologije, kot sta bližnje{1}}infrardeče slikanje (NIRI) in kvantitativna svetlobno-inducirana fluorescenca (QLF), so izboljšali možnosti za diagnozo kariesa. Leta 2020 so Michou et al. razvil avtomatiziran sistem točkovanja in razvrščanja kariesa, ki temelji na fluorescenčnem slikanju in barvni analizi za intraoralne skenerje; leta 2024 je prospektivna in vivo študija raziskovalne skupine ocenila klinično učinkovitost tega sistema pri odkrivanju okluzijskega kariesa in spremljanju napredovanja kariesa. In vitro poskusi Mitrirattanakul et al. dokazali, da intraoralni skenerji in spremljajoča programska oprema kažejo visoko občutljivost in natančnost pri kvantitativnem spremljanju obrabe zob.
Laboratorijske študije Charamba et al. in Denucci et al. je pokazalo, da lahko intraoralni skenerji spremljajo napredovanje nekarioznih okvar vratu (NCCL).
Pri popravljanju in posebnih aplikacijah maksilofacialnih defektov se lahko tehnologija intraoralnega skeniranja uporablja za pridobivanje odtisov različnih prirojenih defektov razcepa ustnice in neba ali tistih, ki so posledica pridobljenih tumorjev ali poškodb. Yu Xiaonan et al. uporabil tehnologijo intraoralnega skeniranja za zbiranje podatkov o površinski teksturi kože okoli zdrave strani pacientov z enostranskimi okvarami orbite za načrtovanje in izdelavo digitalnih orbitalnih protez. To tehnologijo je mogoče uporabiti tudi za pridobivanje podatkov o intraoralnem tkivu pri novorojenčkih in infantilnih bolnikih z razcepom ustnice in neba za načrtovanje predoperativnih alveolarnih grebenov-naprav za oblikovanje nosu ter spremljanje rasti in razvoja čeljustne kosti.
Kar zadeva okluzalno analizo in zasnovo opornice/zobne opornice, se lahko tehnologija intraoralnega skeniranja uporablja za zdravljenje bolnikov s parodontitisom. Personalizirane digitalne okluzalne opornice ali parodontalne opornice so bile zasnovane na podlagi podatkov intraoralnega skeniranja. Klinični primeri z opazovalnimi obdobji, daljšimi od 2 let, so pokazali, da so podatki intraoralnega skeniranja točni in da imajo pacienti boljše udobje po nošenju opornic. Klinične študije so tudi pokazale, da imajo intraoralni skenerji visoko zanesljivost pri beleženju intermaksilarnih okluzijskih stikov.
